Αρμόδια όργανα για τη λειτουργία του Π.Μ.Σ. σύμφωνα με το νόμο 4957/2022 και τον Κανονισμό Δεύτερου και Τρίτου Κύκλου Σπουδών του Ιδρύματος, είναι:

Σε επίπεδο Ιδρύματος αρμόδια όργανα είναι η Επιτροπή Μεταπτυχιακών Σπουδών και η Σύγκλητος.

Σε επίπεδο Τμήματος αρμόδια όργανα είναι:

• Η Συνέλευση του Τμήματος.
• Η Συντονιστική Επιτροπή (Σ.Ε.)
• Ο/Η Διευθυντής/τρια του Π.Μ.Σ.